El Consejo Nacional de Fronteras fue creado en condición de órgano adscrito al Ministerio de Estado de Relaciones Exteriores (MIREX) mediante la Ley Orgánica Núm. 113, de fecha 26 de marzo del 1967. Gaceta Oficial Núm. 9027, que modifica el Art. 3 de la Ley Orgánica de la Secretaría de Estado de Relaciones Exteriores Núm. 314, mediante la cual se crea el Consejo Nacional de Fronteras.
Sin embargo, es mediante el Decreto Núm. 623-03, de fecha 20 de junio del 2003, que se integra el Consejo Nacional de Fronteras al Gabinete Social.
Más tarde el Decreto Núm. 1251, de fecha 22 de septiembre del 2004, deroga el Decreto Núm. 623 y el Consejo Nacional de Fronteras pasa de nuevo a estar adscrito a la Secretaría de Estado de Relaciones Exteriores, como lo establece originalmente la Ley Núm. 113.